Om elev eller foresatte er uenig i vedtak om skoleskyss, har man rett til å klage. Klagen må leveres skriftlig til fylkeskommunen innen 3 uker fra det tidspunktet meldingen om vedtak ble mottatt. Dersom eleven ikke bor i Troms og Finnmark, skal klagen sendes til hjemfylket.
Om fylkeskommunen opprettholder sitt vedtak etter klage, kan elever og foresatte sende klagen videre til fylkeskommunens klagenemd som fatter endelig avgjørelse.
Dersom bestemmelser i reglement for skoleskyss endres vil ikke tidligere godkjenning eller enkeltvedtak kunne gi føringer for eventuelt nye enkeltvedtak. Årsaken til dette er at regelendringer ikke gis tilbakevirkende kraft.
