Om eleven er uenig i vedtak om skoleskyss, har man rett til å klage. Klagen må leveres skriftlig til fylkeskommunen innen 3 uker fra det tidspunktet meldingen om vedtak ble mottatt. Dersom eleven ikke bor i Troms og Finnmark, skal klagen sendes til hjemfylket.
Om fylkeskommunen opprettholder sitt vedtak etter klage, kan eleven oversende klagen videre til Statsforvalteren i Troms og Finnmark som fatter endelig avgjørelse.
Dersom bestemmelser i reglement for skoleskyss endres vil ikke tidligere godkjenning eller enkeltvedtak kunne gi føringer for eventuelt nye enkeltvedtak. Årsaken til dette er at regelendringer ikke gis tilbakevirkende kraft.
