Opplæringsloven sier at fylkeskommunen og kommunen har et felles ansvar for skoleskyss. Nedenfor er en enkel oversikt over hvordan ansvaret fordeler seg.
I FSkyss skal elever registreres med kommunalt vedtak om ansvaret ligger under kommunen, og med fylkeskommunalt vedtak om ansvaret ligger under fylkeskommunen. Organisering av transport - som for eksempel bestilling av drosje - skal kun gjøres av vedtaksmyndigheten. Skoler og kommuner skal derfor ikke organisere transport for elever med fylkeskommunalt vedtak, og fylkeskommunen skal ikke organisere transport for elever med kommunalt vedtak.